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转录组测序


转录组测序是基于HiSeq平台,对待特定组织或者细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,即可研究已知基因,亦能发掘新基因,全面快速地获得mRNA序列和风度信息。


技术路线

案例分析

案 例 通过RNAseq技术全面解析乳腺癌组织中的可变剪切形式

乳腺癌组织由特定形式的转录本发挥特殊功能,本研究应用RNAseq技术获得了三种典型乳腺癌组织TNBC、non-TNBC和HER2阳性乳腺癌的转录本信息。该研究发现了新可变剪切形式和可变剪切后的新转录本,进一步研究发现,乳腺癌组织与正常乳腺组织在转录本表达水平和启动子转移水平存在显著差异,并RT-PCR验证CDK4,LARP1 , ADD3和PHLPP2等转录本形式。该研究第一次系统研究了不同亚型乳腺癌组织转录本利用可变剪切形式和转录本特异表达的情况。


图1 三种亚型乳腺癌中可变剪切形式统计

参考文献

Eswaran J, Horvath A, Godbole S, et al. RNA sequencing of cancer reveals novel splicing alterations [J]. Scientifc reports, 2013, 3.