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CHIP-seq

ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,并通过高通量测序,在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点,且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。

技术路线


案例分析

案 例雌激素受体结合异常与乳腺癌临床试验的相关性研究
雌激素受体(ER)可与相关基因结合形成复合体并移位到细胞核结合下游基因激活它们转录,为肿瘤生长助力。在许多乳腺患者体内,就是因为该受体影响了基因的功能,从而引发致癌连锁反应。现在常用的他莫昔芬等乳腺癌治疗药物,就是通过阻断雌激素受体对基因的作用而发挥效果。但在不少患者身上,这种药物的效果并不理想。本研究基于高通量平台的染色质免疫共沉淀技术ChIP-seq全基因组范围内寻找ER 结合位点,从而鉴定雌激素结合模式是否在患者肿瘤中存在差异。

 图1鉴定出的抗他莫昔芬(tamoxifenER结合位点富集分析