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全基因组DNA甲基化测序


全基因组BisulfiteWhole-genome bisulfite sequencingWGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和Illumina HiSeq高通量测序平台相结合,进行全基因组范围内的精确甲基化研究。WGBS可以达到单碱基分辨率,精确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。

技术路线

案例分析

案 例伯基特淋巴瘤和滤泡淋巴瘤的全基因组甲基化分析揭示与体细胞突变及转录调控相关的甲基化差异区域

对伯基特、滤泡淋巴瘤细胞及正常生发中心B细胞进行WGBS,与正常B细胞相比,淋巴瘤全基因组处于低甲基化水平,但是在 CpGs岛屿的甲基化水平比正常B细胞高;另外两种淋巴瘤之间的甲基化水平也存在差异,且在潜在启动子区域,随着基因表达的增强,甲基化水平也有一定的增加。

参考文献

Kretzmer H, Bernhart S H, Wang W, et al. DNA methylome analysis in Burkitt and follicular lymphomas identifies differentially methylated regions linked to somatic mutation and transcriptional control[J]. Nature genetics, 2015, 47(11): 1316-1325.